・土壌微生物の多様性の改善：作物の根が放出する養分を餌とする微生物が増殖することにより、生物性の偏りを減らします。
・有害なセンチュウの抑制：センチュウ（線虫）の抑制作用。
・土壌病害の抑制：イネ科植物の豊富な根圏は有用微生物の増殖することにより、土壌病害を抑制します。

・土壌の団粒構造の形成：土壌へのすき込みにより空気がたくさん入ったフカフカの土にします。
・透水性の改善：深く根を張る緑肥は土壌に深く侵入し、水が入りやすく水はけのよい土に改善します。

・保肥力の増大：土壌へのすき込みにより、腐植となり、肥料分の陽性イオンを科学的に吸着しやすくなります。
・クリーニング：過剰な塩類を緑肥が吸い上げることにより、土壌の塩類集積が回避できます。
・空中窒素の固定：マメ科の植物は根に共存する根粒菌の働きにより空中窒素を土中に固定します。
・VA菌根菌によるリン酸有効活用：VA菌根菌の着生率が高いものは、リン酸の吸収が良くなります。花や実をつける植物におすすめ

・景観美化：景観形成や遊休農地対策として利用します。
・防風・防砂：強風や集中豪雨などによる土の流出を減らします。
・カバー：果樹園の草生や果菜類の敷き藁利用など、雑草の抑制に使用します。
・ドリフトガード：農薬飛散の軽減に利用します。（完全に飛散を防ぐことはできません）